Les outils logiciels disponibles offrent de nombreuses possibilités. On retiendra les mesures de dimensions, la composition d’image à partir de plusieurs clichés, ou encore la suppression automatique de la brillance.
Grace à un logiciel de traitement et à une platine motorisée, le microscope numérique permet de reconstituer des images en 3D ou d’augmenter la profondeur de champ malgré des grossissements importants. Ces deux options permettent aussi de réaliser des mesures d’épaisseur.
Même si ils utilisent le même principe physique que leurs homologues optiques classiques, les microscopes numériques possèdent des fonctions supplémentaires impressionnantes. La possibilité de recomposer des images par calcul reste probablement la plus intéressante. En effet non seulement elle permet d’avoir une profondeur de champ uniquement limité par la course physique du plateau mais aussi de recomposer des objet en 3d et de réaliser des mesures d’épaisseurs.